Kitapta küçük bir yüreğin tek inandığı varlığını kaybedişi ve bundan duyduğu üzüntü anlatılıyor. Ailesi tarafından çok şımarık diye adlandırılan Zeze aslında çok zeki bir çocuktur. Öyle ki kendi kendine okumayı öğrenip küçük yaşta okula başlar. Okula giderken de diğer çocukların yaptığı gibi arabaların arkasına takılarak “yarasalık” yapar. Fakat bir araba vardır ki, şehrin bütün arabalarından daha güzeldir, ama onun arkasına tutunmaya hiçbir çocuk cesaret edemez. Zeze bir gün o arabanın arkasına tutunur. Sahibi ona çok kızar. Zeze bu kavgaya öyle üzülür ki adama “büyüyünce seni öldüreceğim” der. Ancak bu kavga daha sonra çok sıkı bir dostluğun başlangıcı olur.

Diğer taraftan babasının işsizliği yüzünden taşınmak zorunda kalan Zeze ve ailesi, bahçesi büyük bir eve yerleşirler. Zeze’nin abisi Totoca ve ablası bahçedeki ağaçları sahiplenirler. Zeze için sadece küçük bir şeker portakalı ağacı kalır. Zeze zamanla bu ağacı çok sever ve bütün sırlarını paylaşmaya başlar. Öte yandan Zeze’nin Portuga ismini verdiği arabanın sahibiyle çok iyi dost olurlar. Zeze Portuga’nın yanındayken çok mutlu hisseder ve yaramazlık yapmaz. Bir gün “Babamı seçme şansım olsaydı seni seçerdim” diyerek Portuga’yı ağlatır. Birlikte diledikleri herşeyi yapmaya başlarlar, arabayla gezerler, balık tutarlar. Zeze Portuga’ya ölesiye bağlanmıştır.
Birgün Zeze okuldan dönerken bir kaza sesi duyar. İçine ateş düşerek kaza yerine koşar. Portuga’nın arabası tanınmaz haldedir ve Portuga’nın da hastaneye kaldırıldığını öğrenir. Zeze yüreğindeki büyük acıyla eve döner ve evde onu bekleyen başka bir acı haberi alır. Bahçenin bir kısmı yol yapımı için devlet tarafından alınacaktır ve bu kısımda Zeze’nin küçük portakal ağacı Minguinho da vardır.
Haftalar geçer ama Portuga’dan bir haber yoktur. Zeze gerçeği anlar, Portuga ölmüştür. Bu acı olay üzerine yemeden içmeden kesilen Zeze zayıflar, hastalanır ve yatağa düşer. Ve artık tek kelime etmez. Ailesi onun bu durumunun şeker portakalı ağacı kesileceği için olduğunu sanır.
Bir gün babası gelerek Zeze’ye belediyeyle konuştuğunu, artık üzülmemesini, şeker portakalı ağacının eksilmeyeceğini haber verir. Bunun üzerine Zeze babasına dönerek “Benim şeker portakalımı haftalar önce kestiler baba, haftalar önce…” der.
15 yaşlarındayken okuduğum ve beni ağlatacak kadar duygulandıran nadir kitaplardan olan Şeker Portakalı küçük bir çocuğun acısını anlatırken aslında bizlere insanın inandığı ve dayandığı tek bir şey varsa ve birgün onu kaybederse bunun acısını kaldıramayacağını anlatıyor. Sanırım Einstein da “Mutlu olmak istiyorsan bir amaca bağlan, insanlara ya da eşyalara değil” derken bundan bahsediyordu.